Я не уверен, как выглядит ваш код, но на снимках экрана я предполагаю, что вы представляете UINavigationController в качестве содержимого UIPopoverController. В этом случае вам необходимо установить свойство tintColor или barStyle в свойстве navigationBar UINavigationController.
Если это создает проблемы, вам, возможно, придется вложить UINavigationController в другое представление (без ума, я знаю). Если оно вложено в белое представление, он должен использовать стиль по умолчанию UINavigationBar.