Есть много способов ...
Например, вы можете собрать библиотеку в utils dir, и зависеть от нее в src. Но для этого требуется правило, как перестраивать libutils и зависимости в src dir.
Но если это не стоит суеты, в makefile более высокого уровня просто создайте utils, а затем src, записывая зависимости из заголовков utils для перестройки src .c и .h в случае.