Я сам решил проблему.
Mw-render порождает параллельный запрос для каждой статьи в коллекции.Это означает, что для коллекции из 50 страниц выполняется 50 одновременных запросов.Apache может справиться с этим, но не MySQL db MediaWiki.
Вы можете ограничить количество потоков, которые порождает mw-render, с опцией --num-threads = NUM.Я не мог найти, где mw-serve вызывает mw-render, поэтому я просто ограничил максимальное количество потоков (рабочих), которое Apache может создать до 10.
mw-render автоматически повторяет запросы на статьи, если первыене удалось, поэтому этот подход сработал.
В течение 4 минут я отрисовал PDF-файл со 185 статьями, в результате PDF-файл содержал более 300 страниц.