Недавно переместил / обновил наш сервер и не было никаких проблем.
Мы не использовали этот метод, хотя - так как мы использовали базу данных по умолчанию, мы просто переместили это "как есть".
Предположительно, ваша резервная копия выглядит "хорошо"?
Вы пробовали форумы TeamCity, я считаю их довольно отзывчивыми:
http://devnet.jetbrains.net/community/teamcity