Если вы используете ClickOnce в качестве метода публикации, вы можете нажать кнопку «Предварительные условия» на вкладке «Публикация» в свойствах проекта и установить флажок «.Net Framework 2.0». Это позволит убедиться, что фреймворк установлен перед установкой программы, а также при необходимости может извлечь и установить фреймворк.
В обычных проектах установки VS щелкните правой кнопкой мыши проект установки, выберите «Просмотр» -> «Условия запуска» и добавьте его в качестве условия. Visual Studio должен был добавить один для вас, который соответствует целевой платформе проекта.