Я думаю, это зависит от того, что вы хотите сделать. Matlab, безусловно, является лучшим выбором, но во многих случаях модули изображений в языках программирования общего назначения делают свое дело.
Я немного искажал пиксели и обрабатывал изображения с помощью PIL, библиотеки изображений Python. Этого вполне достаточно для обработки одиночных RGB-изображений разумного размера (скажем, того, что обеспечивает потребительская цифровая камера). Он может обрабатывать альфа-каналы, имеет некоторые фильтры, более или менее быстрые методы доступа к информации о пикселях - и это Python, очень простой и читаемый язык.