Если имя значения (в данном случае baz) не содержит пробелов, вы можете сделать что-то вроде
FOR /F "skip=4 tokens=2,*" %%A IN ('REG.exe query "HKLM\software\foo\bar" /v "baz"') DO set "MATLABROOT=%%B"
Если имя динамическое и известно только во время выполнения, вам придется использовать tokens = * и анализировать %% A, ища «REG_», чтобы вы знали, где начинаются данные ...