Назовите свои флажки примерно так:
<input type="checkbox" name="chk[]" value="1" />
<input type="checkbox" name="chk[]" value="2" />
и т. Д., Где значения - это идентификаторы из Таблицы1. Когда пользователь нажимает кнопку отправки, POST будет содержать значения отмеченных флажков.
В вашем PHP, тогда у вас есть
$chkArr = isset($_POST['chk']) ? $_POST['chk'] : array();
$chkArrCSV = implode(',',$chkArr);
Тогда вы можете создать свой запрос как
$sql = 'SELECT blah FROM blah WHERE id IN '.mysql_real_escape_string($chkArrCSV);
и все, что вам нужно для очистки пользовательского ввода.