Как хранить данные в зашифрованном или двоичном формате в любом файле ?? в обработке файлов с использованием JAVA.
Я предлагаю вам зашифровать файл с помощью Keyczar,
http://code.google.com/p/keyczar/
keyczar заботится о деталях шифров и управления ключами, а также не зависит от платформы.Вы можете зашифровать на Java и расшифровать на других языках.
Я бы посоветовал вам сначала попробовать Jasypt для шифрования и дешифрования строк или двоичных файлов и т. Д. Но это действительно зависит от требований.