Не делайте этого так, как предложил HEBERT, вы нарушаете связь между вашим объектом данных и вашей табличной моделью. Плохой дизайн MVC.
В идеале у вас есть доступ к модели данных. Предполагая, что это список в переменной myDataList
myDataList.clear();
myTable.getModel().fireTableDataChanged();