Я думаю, что самое важное - хранить пароль вне вашей корневой веб-папки.
Кроме того, я действительно не вижу, что еще вы можете сделать; если люди получат доступ к папкам, в которых хранятся сценарии, они также получат доступ к коду, который расшифровывает / извлекает пароль, поэтому независимо от того, насколько хорошо шифрование, пароль будет доступен. Если я что-то упустил ...