Единственное вмешательство для построения командной строки, оба проекта имеют файл make.exe, который не совпадает.
Это легко решить, не добавляя FPC к пути (удаляя его через систему панели управления), и выполните
set PATH=c:\fpc\2.5.1\bin\i386-win32;%PATH%
или где вы установили в качестве первой строки в ваших пакетных файлах.
Как правило, я не беспокоюсь, но предыдущий работодатель много занимался созданием cmdline с помощью dcc, и тогда это имеет значение.
Файловые ассоциации - другое, но уже названное. (но это не такая большая проблема, поскольку расширения проекта различаются (.dpr против .lpr, .dproj против .lpi))
Кстати: другие продукты для разработки (cygwin, mingw и, возможно, даже VS) имеют свои собственные файлы make.exe и такие же проблемы.