Что мешает вам использовать фактический адрес, $Y$3
?
EDIT
Ах. Вы сказали, что хотите установить это значение, поэтому я подумал ...
Тогда разве вы не делаете то же самое, что уже делаете в остальных частях вашей формулы?
ActiveCell.Formula = "=COUNTIFS(G$4:G$" & (i - 1) & _
", " & _
ActiveSheet.Cells(3, 25).Address(True, True, xlA1) & _
", F$4:F$" & (i - 1) & _
", J4)"