Если ваша программа использует API провайдера учетных данных, то (по определению) она обеспечивает аутентификацию.
При этом, если вы хотите использовать свой код .NET, лучшим вариантом будет запустить его как службу и обмениваться данными с ним по именованному каналу или с помощью другого механизма IPC.