Каким клиентом вы пользуетесь?Для «простого» клиента SVN, посмотрите, решит ли кто-нибудь из них ваши проблемы:
cd /path/to/directory/with/suspected/duplicate
svn revert .
svn cleanup
svn update
Если вы используете TortoiseSVN, щелкните правой кнопкой мыши папку с проблемами, а затем: TortoiseSVN-> Revert, TortoiseSVN-> Очиститьи SVN Update.