Если это приложение, которое просто запускается на компьютере без использования внешних библиотек, таких как ncurses, оно должно быть довольно простым. Для этого вам просто нужно изменить цвет вашего терминала.
Как и в случае со стандартным терминалом command.com, который существует со времен первой версии Windows, я считаю, что вам просто нужно использовать Google. Есть много результатов поиска, таких как http://www.daniweb.com/forums/thread15790.html.
С новой оболочкой Windows Power, включенной в Windows 7, решение должно быть идентичным.
Если приложение использует библиотеку, такую как ncurses, вы не сможете изменить цвета без обратного инжиниринга.