Давайте начнем с этого: копирование данных из одной таблицы в другую на одном и том же сервере НЕ является резервной копией.
Теперь, если у вас MySQL 5.1.6 или новее, вы можете использовать планировщик событий для планирования таких действий.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/events.html
Это должно быть так же просто, как выполнить запрос, подобный этому
INSERT INTO
secondarydatabase.tableName
SELECT pr.* FROM
primarydatabase.tableName AS pr
LEFT JOIN
secondarydatabase.tableName AS sec
USING(primaryKeyColumn)
WHERE sec.primaryKeyColumn IS NULL
(при этом будут скопированы все новые строки, изменения в уже существующих строках не будут скопированы)
Что касается фактического резервного копирования, пожалуйста, прочитайте это:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/backup-methods.html