Звучит так, как будто вы хотите заменить и заменить на основе регулярного выражения. Как правильно это сделать, зависит от вашего языка. Но с помощью sed я бы сделал это так:
echo "CN=Name One/OU=Site/O=Domain;CN=Name Two/OU=Site/O=Domain;CN=Name Three/OU=Site/O=Domain" |\
sed 's/CN=\([^\/]*\)[^;]*/\1/g'
Если вы все равно собираетесь разделить его позже, возможно, вы просто захотите сопоставить имена и вернуть их в цикле. Пример кода в perl:
#!/usr/bin/perl
$line="CN=Name One/OU=Site/O=Domain;CN=Name Two/OU=Site/O=Domain;CN=Name Three/OU=Site/O=Domain";
for $match ($line =~ /CN=([^\/]*)/g ){
print "Name: $match\n";
}