Я бы предложил пойти дальше и сделать именно это. Настройте хранимую процедуру в модели EF, возвращая ту сущность, в которой она нуждается, затем в своем хранилище создайте get, который обращается к тому, что использует хранимая процедура. Разница в том, как возвращаются данные, возникает внутри вашего DAL (в данном случае модели EF), ваш репозиторий по-прежнему имеет доступ к контексту для поиска и возврата данных.
Я делаю нечто подобное прямо сейчас, и это было лучшее решение, которое я мог придумать. Это позволило мне продолжить доступ к данным в модели EF и отделить хранилище от способа, которым модель собирает данные. Хранилище до сих пор не знает, как модель получает данные, а остальная часть приложения не увидит ничего другого в функциях хранилища.