Вы не можете использовать все функциональные возможности классов java.io из Google Appengine. Вы можете проверить эту ссылку .
В приложениях Google это указано ниже;
Приложение не может выполнить запись в файловую систему. Приложение может читать файлы, но только
файлы, загруженные с кодом приложения. Приложение должно использовать хранилище данных App Engine,
memcache или другие службы для всех данных, которые сохраняются между запросами.