drush site-install делает то же самое, что и установка сайта с графическим интерфейсом: то есть он устанавливает только локальные профили установки и не обновляет. Причина, по-видимому, заключается в том, что монтажные профили спроектированы и протестированы для конкретных версий модулей.
Вы можете обновить после установки сайта, запустив drush update.
С точки зрения того, следует ли вам запускать update.php (т.е. drush updatedb) после установки сайта, чтобы получить последние изменения от hook_update_N() и hook_install() Вам не нужно беспокоиться об этом. hook_install() всегда должен содержать самую последнюю версию схемы модуля, а hook_install() всегда вызывается при первом включении модуля.