Cygwin поставляется с собственной версией Python, поэтому, вероятно, у вас есть две установки Python в вашей системе; тот, который установлен под Windows, и тот, который поставляется с Cygwin.
Чтобы проверить это, попробуйте открыть приглашение bash в Cygwin и набрать which python
, чтобы увидеть, где находится исполняемый файл Python. Если там написано /cygdrive/c/Python25/python.exe
или что-то похожее, вы будете знать, что используете исполняемый файл Windows. Если вы видите /usr/local/bin/python
или что-то в этом роде, то вы будете знать, что у вас установлена версия Cygwin.
Я рекомендую открыть приглашение DOS и запустить Python оттуда, когда вам нужно интерактивное использование. Это сохранит ваши две установки Python отдельно (может быть очень полезно иметь обе; я делаю это на своей машине). Кроме того, у вас могут возникнуть проблемы с запуском программы, предназначенной для использования в интерактивной консоли Windows, из оболочки Cygwin.