Как дополнительное примечание к решению VonC, это работает, пока классы содержатся в другом дереве каталогов относительно исходных файлов - например, многие проекты создают файлы классов в целевой каталог, который отражает структуру каталогов Src Tree.
В большинстве случаев Eclipse установит производный флаг в этом целевом каталоге (щелкните правой кнопкой мыши на цели и просмотрите свойства) - хотя некоторые плагины Eclipse (Maven / SVN), кажется, иногда получают этот производный флаг неправильно (не уверен, что это виновник).