Большинство реализаций Common Lisp, которые поддерживают CLIM, имеют способ запускать функции как отдельный поток (обычно называемый PROCESS в Lisp).
Во многих реализациях Common Lisp эта функция называется PROCESS-RUN-FUNCTION. Смотрите документацию вашего Лисп.
У самого CLIM есть функция MAKE-PROCESS. Это не зависит от реализации и работает на реализациях CLIM поверх многопоточных Lisp, таких как Allegro CL, LispWorks, MCL, Genera, ...
Нечто подобное (пример в пакете CLIM-USER).
(make-process (lambda () (run-frame-top-level ...)))
должен запускать верхний уровень в своем собственном потоке.
Это позволит вам запускать несколько кадров, иметь другие процессы Lisp с REPL и т. Д.