Простой подход - добавить свойство в ваш RootViewController, чтобы отслеживать, выдвинуло ли оно другое представление на navigationController.
-(BOOL)hasPushedSecondView;
Инициализируйте в NO в вашем методе init.
Прежде чем помещать представление secondViewControllers в стек, обновите свойство до YES.
В viewWillAppear проверьте значение и обновите свой вид соответственно. В зависимости от того, как вы хотите, чтобы приложение работало, вам может потребоваться сбросить свойство hasPushsecondview обратно в NO.