Попробуйте использовать команду CALL .
...
call mvn deploy:deploy-file -DgroupId=%GROUP_BASE%.BC4J_lib -DartifactId=bc4jct -Dversion=%VERSION% -Dfile=%JDEV_HOME%/BC4J/lib/bc4jct.jar -Dpackaging=jar -DrepositoryId=%REPOSITORY_ID% -Durl=%REPO_URL%
call mvn deploy:deploy-file -DgroupId=%GROUP_BASE%.BC4J_lib -DartifactId=adfm -Dversion=%VERSION% -Dfile=%JDEV_HOME%/BC4J/lib/adfm.jar -Dpackaging=jar -DrepositoryId=%REPOSITORY_ID% -Durl=%REPO_URL%
...
Если вы вызываете команду без использования CALL, управление переходит к новой программе и не возвращается (в вашем примере этоэто то, что происходит после первого mvn ...
).CALL возвращает управление вызывающей стороне, и выполнение продолжается со следующей инструкции.