Согласно обсуждению на OpenRCE, кажется, что вы не можете напрямую заставить IDA Pro выводить ".exe". Что вы можете сделать, это заставить его создать «.dif» и использовать его для исправления оригинального «.exe».
Чтобы заставить IDA Pro сгенерировать «.dif»:
Файл-> Создать файл-> Создать