TL; DR: MongoEngine!
Я имел удовольствие много раз работать как с MongoKit, так и с MongoEngine над сложными проектами.
Начну с конца: проект MongoKit на GitHub мертв. При выборе правильного инструмента всегда помните, что работа с хорошо поддерживаемым проектом - огромная разница. Есть больше функций, меньше ошибок и всегда кто-то, чтобы помочь вам с проблемами.
Если вы делаете очень простые вещи с MongoKit, у вас все будет хорошо. Но при использовании большего количества функций я обнаружил все больше и больше ошибок. На самом деле я также представил исправления, и никто не мог их принять. С другой стороны, сообщество MongoEngine очень профессионально и живо.
После привыкания к синтаксису MongoEngine я наслаждаюсь каждым его кусочком:)