Предполагая, что файлы Excel находятся в табличном формате, я бы предположил, что лучшим способом было бы использовать OleDB. Эта страница содержит очень простой пример, который должен показать вам, как начать работу.
Если по какой-то причине вы не можете использовать OleDB, вы можете использовать Excel Automation. Это не рекомендуется, если он находится на сервере, и в целом он будет медленнее и менее стабильным, чем OleDB, но вы сможете делать практически все, что вам нужно.