PFX - двоичный формат. «Канонический» файл CER также должен быть в двоичном формате (двоичные данные в кодировке DER), хотя некоторые приложения помещают туда сертификаты в кодировке base64 или даже в сертификаты PEM.
Учитывая, что они являются двоичными, вы можете сохранить их либо в BLOB, либо в base64-кодировании, а затем сохранить их в виде строки. Но последнее не имеет смысла, так как данные в кодировке base64 будут занимать больше места в таблице.