Это зависит от вашего набора разработчиков и доступных денег. Нет «лучшего», есть просто решения, которые легче внедрить, в зависимости от ваших навыков разработчиков. Если у вас есть разработчики, которые хорошо разбираются в Java, но не знают PHP ... не используйте PHP. Если ваши разработчики хорошо разбираются в PHP и не знают Java ... не используйте Java.
Что касается сайта, я взглянул на сайт Pricerunner, и это не сайт на основе Flex или Flash, это просто обычный сайт на основе скриптов, возможно, на PHP (и плохо написано на бэкэнде, этот исходный код отвратительный). Вам, вероятно, следует нанять обычного веб-разработчика для создания сайта и добавить Flash, который улучшит возможности сайта, а не разрабатывать весь сайт в нем (если это не все, что знают ваши разработчики).