Наиболее вероятная причина заключается в том, что файлы данных создаются в том же каталоге, что и компиляция, которая может быть недоступна или недоступна для записи на целевой платформе, на которой выполняется тест.
В приличной версии gcc переменные среды GCOV_PREFIX и GCOV_PREFIX_STRIP можно использовать для переопределения каталога по умолчанию.