Сам Eclipse будет установлен там, где вы разархивировали загруженный файл.Этот каталог содержит Eclipse.app, configuration/, plugins/ и features/ (среди прочих).
Ваш каталог workspace/ (по умолчанию в вашем домашнем каталоге) содержит все ваши проекты и различные настройки.в workspace/.metadata/ (смотрите точечные файлы, если хотите посмотреть).Удаление рабочей области, конечно, приведет к удалению ваших собственных файлов проекта, поэтому вам необходимо убедиться, что у вас есть способ восстановить их из чистой версии (например, из системы контроля версий, если вы ее используете).
Если вы не хотите удалять всю свою рабочую область, возможно, стоит удалить ее и затем скопировать проекты обратно, оставив новый workspace/.metadata/ чистым, чтобы посмотреть, решит ли это вашу проблему.