Это зависит от того, как вы подключаетесь к Navision. Предоставляет ли Navision какой-либо API, с помощью которого вы можете получить к нему доступ (веб-сервисы или что-то еще)? В этом случае сервер LAMP может использовать этот API.
Если вам нужен доступ к базе данных за Navision, тогда PHP нужен доступ к базе данных. Либо через ODBC, либо напрямую, если это возможно (например, FreeTDS, если рассматриваемая база данных - MS-SQL Server)