SharpDevelop использует MSBuild для компиляции вашего кода, поэтому самым простым способом было бы создать шаг после сборки , который запускает ILMerge с правильными параметрами. Вы можете создать шаг после сборки из параметров проекта на вкладке «События сборки». Кроме того, вы можете напрямую редактировать файл проекта в Блокноте.