WindowManager.getDefault (). GetMainWindow (). SetVisible (true / false) должен работать, чтобы скрывать и отображать весь графический интерфейс, если только он не имеет нескольких окон (чистый Swing Frame.getFrames () должен предоставить вам все окна на основе JFrame, если это поможет).
Не уверен, что это решит проблему, если вы хотите, чтобы главное окно было скрыто при запуске (но если это очень простой пользовательский интерфейс, как это верно для многих приложений в трее, вы можете просто работать с очень простой реализацией WindowManager, такой как WindowManager.Trivial, и полностью исключить стандартную оконную систему NetBeans).