Да, вроде. Вы можете заменить переменные окружения в файле конфигурации при запуске с синтаксисом $ {ENVVAR}. Вы должны выяснить, как установить эти переменные перед запуском сервера.
http://httpd.apache.org/docs/2.2/configuring.html#syntax
Обратите внимание, что эти переменные сохранятся, поэтому любые скрипты на таких языках, как php, смогут их читать.
Также важно отметить, что эти значения интерпретируются один раз только при запуске сервера, поэтому они больше похожи на константы, чем на переменные.
Обновление
Начиная с httpd версии 2.4, вместо этого смотрите этот ответ: https://stackoverflow.com/a/15731921/498798