Я видел, как эта проблема возникает в приложениях на основе Windows.Forms и Delphi (собственные окна), вызванных взаимодействием «оставаться на вершине» с Windows API.
По сути, пометка формы как TopMost
позволяет ей оставаться поверх некоторых окон, но не других - управление окнами имеет более двух отдельных уровней.
Что я обнаружил, так это: мои приложения будут вести себя при нормальной работе с всплывающими подсказками вверху. Проблемы могут возникнуть при переключении на другие приложения и от них - каким-то образом «TopMost» окнаw станет «очень ультра-верхним» (нетехнический термин ;-)) с подсказками, появляющимися за окном. 1006 *
Описав проблему, я хотел бы предложить вам решение, но я так и не нашел хорошего. Вздох.
Надеемся, что вам будет достаточно дополнительной информации, чтобы найти необходимое решение.