Просто для дополнения выбранного ответа (из документации):
Добавление версии:
./doctrine migrations:version YYYYMMDDHHMMSS --add
Удаление версии:
./doctrine migrations:version YYYYMMDDHHMMSS --delete
Команда не выполняет никакого кода миграции, она просто добавляет указанную версию в базу данных.
Дополнительная информация