В последнее время я много занимался этим (в основном писал свой собственный DSL с использованием XML и обрабатывал его с помощью C # Linq-to-xml, обращаясь в ISAuto COM), и я нахожу очень много мест, где объектная модель просто не раскрывает то, что вам нужно. В этих случаях я сохраняю проект в двоичном формате и использую WiX DTF (вставьте любимую библиотеку взаимодействия MSI для любого языка, на котором вы программируете), чтобы выполнить непосредственную авторизацию MSI sql, аналогично использованию прямого редактора.
Однако для того, о чем вы говорите, согласно документации, есть метод AddEnvironmentVar для объекта ISWiComponent, который возвращает объект ISWiEnvironmentVar.
Из справки:
m_ISWiFeature.ISWiComponents ("MyComponent"). AddEnvironmentVar "MyEnvironment"
Класс ISWiEnvironmentVar имеет ряд атрибутов для различных настроек.