Вы можете сделать это без вложенной оболочки:
awk '...{print}' file1 | cat - file3 > file4
или даже:
awk 'FNR!=NR {print;next} ... {do_stuff}' file1 file3 > file4
Это приведет к тому, что file1 будет обработан do_stuff
, а file3 будет передан напрямую.