strpos
имеет третий необязательный аргумент, который позволяет указать смещение, с которого вы хотите начать поиск. Заполните его позицией последнего вхождения + 1.
Тем не менее, все это выглядит немного подозрительно. Если вы пытаетесь читать или писать произвольный HTML, вы должны использовать DOMDocument
или другое расширение / библиотеку, предназначенную для анализа HTML.