В выходной html добавьте ссылку на таблицу стилей внутри тега <head>.
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="mystyle.aspx" />
Затем добавьте страницу в свой проект с именем mystyle.aspx.В Page_Load этого файла вы выполняете преобразование xslt для вывода только части css.(И удалите часть преобразования css для html-страниц.)
protected void Page_Load(object sender, EventArgs e) {
Response.Clear();
Response.ContentType = "text/css";
string css = // Do your xslt transformation here
Response.Write( css );
Response.End();
}
Если CSS одинаков для всех страниц, вы можете добавить кеширование в приведенный выше код, чтобы сэкономить при выполнении преобразованиякаждый раз.
Возможно, вам придется использовать некоторые параметры для указания вашего xml / xslt, но вы не предоставили никакой информации по этому вопросу.