Проблемы с classpath возможно? Сценарий /usr/local/etherpad/trunk/etherpad/bin/run-local.sh должен запускаться из определенного каталога (пути). Попробуйте отредактировать свою копию, чтобы начать с команды cd, чтобы перейти в нужную папку непосредственно перед созданием подпапок data / appjet.