Да, есть. Вы можете изолировать частную базу данных от публичной базы данных. Создайте 2 учетные записи пользователей базы данных, убедитесь, что у них есть доступ только к 1 необходимой базе данных. Публичные и частные приложения будут использовать разные учетные записи. Затем заблокируйте учетные записи базы данных, чтобы убедиться, что у них есть только те права, которые необходимы для работы веб-приложения. (Я не уверен, какую базу данных вы используете. Если вы используете ms-sql, убедитесь, что у них нет доступа к xp_cmdshell, если вы используете mysql, убедитесь, что у учетной записи нет привилегий FILE. Есть и другие соображения но это выходит за рамки этого вопроса.)
Если в общедоступной части вашего сайта будет обнаружена уязвимость SQL-инъекции, они смогут получить доступ к этой единой базе данных, оставив ваш частный сайт незатронутым атакой.