Отключение горячих клавиш - это дизайн, и, насколько я знаю, вы мало что можете с этим поделать.
Полноэкранные приложения DirectX (обычно игры) будут вызывать IDirectDraw :: SetCooperativeLevel с флагами DDSCL_FULLSCREEN и DDSCL_EXCLUSIVE, что приводит, среди прочего, к отключению зарегистрированных горячих клавиш.