есть одно правило: вы не должны помещать ничего кроме / public (/ htdocs или другого по имени - dir, где расположен ваш index.php) каталог zf в ваш doucument_root.
Но я думаю, что совместнохостинг, вы не можете решить, где находится ваш document_root, поэтому вы можете просто использовать файл .htacces, чтобы запретить любые непубличные файлы из всех.
структура, например:
/htdocs
/application
/config
/library
/Zend
/(other libraries)
/user
/controller
/model
/view
/variable
/sessions
/cache
/view_compiles
.htaccess (deny from all)
/images
/scripts
/styles
index.php