CAM :: PDF может сделать это довольно легко и имеет простой интерфейс командной строки, чтобы помочь. Примечание: я автор этой библиотеки. Пример:
appendpdf.pl file1.pdf file2.pdf outfile.pdf
Из раздела ОПИСАНИЕ perldoc :
my $anotherpdf = CAM::PDF->new('test2.pdf');
$pdf->appendPDF($anotherpdf);