Сколько вам нужно взаимодействия между вашим приложением и загруженными файлами aspx? Если взаимодействие не требуется или взаимодействие может быть обработано через внешнее хранилище, такое как база данных, тогда я рекомендую иметь отдельное приложение (и виртуальный каталог), в котором эти файлы будут размещены. Это приложение должно быть настроено на использование другого пула приложений, и вы используете учетную запись пользователя с минимальными разрешениями безопасности для запуска этого пула приложений. Обратите внимание, что, будучи другим приложением, ваше веб-приложение будет полностью изолировано от этого приложения, но это также означает, что вы не можете предоставлять общий доступ к сеансу / состоянию приложения ASP.NET, но вам необходимо обратиться к базе данных для совместного использования данных.