Я почти уверен, что я не использую Rtools при запуске R в пакетном режиме в Windows Vista (потому что я никогда специально не загружал его).
Вы можете установить переменную окружения для R.exe и сделать это таким образом, или, что еще лучше, использовать batchfiles . Мне нравится последний метод, потому что он всегда указывает на последнюю версию R на вашем компьютере, что лично для меня очень удобно и экономит время.